實際上真核生物的蛋白也可以用真核細胞蛋白表達系統來實現，而且效果往往更好。用原核生物來表達主要還是因為操作簡單，快速。如果希望表達和純化的蛋白性質穩定，經原核系統表達之后仍然有正確的折疊構象，那么使用原核表達系統就很合適了。有的時候在不同的表達體系里面對蛋白的表達量是有影響的。當構建完成后攜帶有信號肽的時候，一些蛋白在真核表達體系中表達量極低。去除信號肽序列值后，直接表達成熟肽，表達水平明顯提高。所以說構建的真核表達載體高表達mRNA卻檢測不到目的蛋白是*有可能的。